El departamento de química se encuentra ubicado en las instalaciones del Centro de Investigación y de Estudios Avanzados del I.P.N. Campus Zacatenco. El personal académico y de apoyo a la investigación está constituido por 18 investigadores prestigiados, 66 estudiantes de doctorado, 26 auxiliares de investigación y 17 colaboradores que proporcionan apoyo técnico y administrativo. Para el desarrollo de los proyectos de investigación se cuenta con recursos propios de la Institución y de otras agencias externas, los propios investigadores son los responsables de conseguir fondos adicionales para trabajar en su laboratorio. El programa de doctorado en Ciencias Químicas que se ofrece, está dentro del padrón de excelencia de CONACYT y es reconocido a nivel internacional.